Cómo liquidar una incapacidad en la nómina: Cálculo, aportes y prestaciones
Cada incapacidad llega a la nómina en Colombia como una novedad que cambia el pago del trabajador, sus aportes a seguridad social y la contabilidad de la empresa. Un error en cualquiera de esos tres frentes se repite en el desprendible, en la PILA y en los estados financieros.
Esta guía te explica cómo liquidarla paso a paso, con ejemplos, cómo se refleja en el sueldo, qué aportes se pagan, qué pasa con la prima y las cesantías, cómo se contabiliza y qué debe hacer un software de nómina con cada caso. Las reglas de quién paga cada tramo están en la guía de incapacidad laboral en Colombia.
Para liquidar una incapacidad, divide el IBC del mes anterior entre 30, multiplícalo por el porcentaje del tramo (66,67% hasta el día 90 y 50% hasta el 180) y por los días. Si el valor diario queda por debajo del mínimo, paga el mínimo.
¿Cómo se liquida una incapacidad en la nómina?
La liquidación de una incapacidad sigue cinco pasos, y todos dependen de leer bien el certificado y el historial del trabajador:
- Identificar el origen. Si es común, la reconoce la EPS desde el día 3; si es laboral, la ARL desde el día siguiente al accidente o al inicio de la incapacidad.
- Ubicar el tramo. Si el certificado es una prórroga, los días se suman al conteo de la incapacidad inicial, porque de ese conteo depende el porcentaje.
- Tomar la base. Se usa el ingreso base de cotización (IBC) del mes anterior al inicio de la incapacidad inicial, también para las prórrogas.
- Aplicar el porcentaje. En origen común, 66,67% hasta el día 90 y 50% del día 91 al 180 (artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo); en origen laboral, 100% (Ley 776 de 2002).
- Verificar el piso. El valor diario no puede quedar por debajo del salario mínimo diario (Sentencia C-543 de 2007).
Valor de la incapacidad = IBC mensual / 30 × porcentaje del tramo × días de incapacidad
Los días se cuentan en calendario, de modo que una incapacidad de 10 días incluye los sábados, domingos y festivos que caigan dentro de ella.
Tres ejemplos de liquidación de incapacidades
Estos casos usan el salario mínimo de 2026 ($1.750.905, es decir, $58.364 diarios) como piso de referencia.
Caso 1. Incapacidad de origen común de 10 días, con IBC de $2.500.000
| Concepto | Días | Valor diario | Valor |
|---|---|---|---|
| A cargo del empleador | 2 | $55.556 | $111.111 |
| A cargo de la EPS | 8 | $55.556 | $444.444 |
| Total del auxilio | 10 | $555.556 |
Caso 2. Prórroga que cruza el día 90, con IBC de $2.500.000
El trabajador lleva 84 días de incapacidad acumulada y recibe una prórroga de 16 días (del día 85 al 100).
| Tramo | Días | Valor diario | Valor |
|---|---|---|---|
| Días 85 a 90, al 66,67% | 6 | $55.556 | $333.333 |
| Días 91 a 100, al 50% | 10 | $41.667, ajustado al mínimo: $58.364 | $583.635 |
| Total de la prórroga | 16 | $916.968 |
Caso 3. Incapacidad de origen laboral de 15 días, con IBC de $4.000.000
| Concepto | Días | Valor diario | Valor |
|---|---|---|---|
| A cargo de la ARL, al 100% | 15 | $133.333 | $2.000.000 |
¿Qué base se usa con salario variable o salario integral?
La base es siempre el IBC reportado en el mes anterior al inicio de la incapacidad inicial. Con salario variable, ese IBC ya incluye las horas extra, recargos y comisiones que se cotizaron ese mes, así que la incapacidad refleja el ingreso real del periodo. Con salario integral, el IBC corresponde al 70% del salario pactado, y sobre esa base se calcula la incapacidad. Puedes revisar cómo se forma esa base en la guía de salario integral en Colombia.
¿La incapacidad se descuenta del sueldo?
Durante los días de incapacidad, el trabajador recibe un auxilio en lugar del salario de esos días, y la nómina lo registra como un concepto propio. Cuando el auxilio es del 66,67% o del 50%, el total del mes es menor al salario habitual, y esa diferencia es lo que muchos trabajadores perciben como un descuento.
Con el caso 1, un trabajador con salario de $2.500.000 que estuvo incapacitado 10 días de un mes de 30 recibiría:
| Concepto en el desprendible | Valor |
|---|---|
| Salario por 20 días trabajados | $1.666.667 |
| Auxilio por incapacidad, 10 días | $555.556 |
| Total devengado | $2.222.222 |
| Diferencia frente al salario mensual | $277.778 |
¿La incapacidad anula el día de descanso o las vacaciones?
Los domingos y festivos que caen dentro de una incapacidad se pagan como días de incapacidad, porque el conteo es en días calendario. Cuando la incapacidad llega durante las vacaciones, el descanso se interrumpe y los días pendientes se disfrutan después del alta médica: el artículo 188 del Código Sustantivo del Trabajo protege el derecho a reanudar las vacaciones interrumpidas, y el Concepto 6834 de 2009 del Ministerio de la Protección Social aplica esa regla a la incapacidad.
¿Cómo se pagan los aportes a seguridad social durante una incapacidad?
Durante la incapacidad, la empresa sigue cotizando salud y pensión, con el valor de la incapacidad como base. Si en el mes hubo días trabajados, la base suma el salario de esos días y el valor de la incapacidad, y nunca puede ser inferior a un salario mínimo (Decreto 780 de 2016, artículo 3.2.1.10).
| Aporte | ¿Se paga durante la incapacidad? | Base |
|---|---|---|
| Salud | Sí | Valor de la incapacidad |
| Pensión | Sí | Valor de la incapacidad |
| Riesgos laborales (ARL) | No, si se reporta la novedad | No aplica (Decreto 1072 de 2015, art. 2.2.4.2.1.6) |
| Caja de compensación, SENA e ICBF | No [PENDIENTE DE VERIFICAR con UGPP] | El auxilio por incapacidad no constituye salario |
¿La incapacidad afecta la prima, las cesantías y las vacaciones?
La incapacidad no suspende el contrato de trabajo porque el artículo 51 del Código Sustantivo del Trabajo no la incluye entre las causales de suspensión. Por eso, el tiempo incapacitado cuenta para todas las prestaciones sociales.
| Prestación | ¿Se descuenta el tiempo de incapacidad? | Cómo se liquida |
|---|---|---|
| Prima de servicios | No | Con el último salario devengado antes de la incapacidad (Concepto MinTrabajo 55767 de 2023) |
| Cesantías e intereses | No | Con el último salario o el promedio del último año si es variable (Concepto MinTrabajo 100198 de 2014) |
| Vacaciones | No | El tiempo incapacitado se suma para causarlas |
¿Cómo se contabiliza una incapacidad en el PUC y la cuenta de incapacidades por cobrar?
La incapacidad se registra en dos partes: lo que asume la empresa va al gasto, y lo que debe reconocer la EPS o la ARL queda como una cuenta por cobrar. El Concepto 0214 de 2025 del Consejo Técnico de la Contaduría Pública precisa que el reembolso recibido se registra como ajuste a esa cuenta por cobrar, porque devuelve un pago que la empresa adelantó.
Con el caso 1, los asientos quedarían así:
| Momento | Cuenta | Débito | Crédito |
|---|---|---|---|
| Pago al trabajador | 510524 Incapacidades (gasto, área administrativa) | $555.556 | |
| 1110 Bancos | $555.556 | ||
| Reconocimiento de la parte de la EPS | 1330XX Cuenta por cobrar a la EPS | $444.444 | |
| 510524 Incapacidades | $444.444 | ||
| Recaudo de la EPS | 1110 Bancos | $444.444 | |
| 1330XX Cuenta por cobrar a la EPS | $444.444 |
¿Qué debe hacer un software de nómina con las incapacidades?
Un software de nómina o de recursos humanos resuelve bien las incapacidades cuando una sola captura de la novedad alimenta el pago, los aportes y la contabilidad. Estos son los criterios para evaluarlo:
- Carga de la novedad: Permite registrar la incapacidad de forma individual o masiva, con origen, fechas y prórroga.
- Cálculo por tramo: Aplica el porcentaje que corresponde según los días acumulados y verifica el piso del salario mínimo.
- Seguridad social: Liquida los aportes sobre la base correcta y reporta la novedad en la PILA.
- Prestaciones: Liquida prima y cesantías sin descontar los días de incapacidad.
- Contabilidad y reportes: Envía los registros al sistema contable y muestra indicadores de ausentismo por área.
Si alguno de estos pasos depende de una hoja de cálculo aparte, el error aparece en el cierre siguiente.
Registrar las incapacidades a mano multiplica los errores en cada cierre de nómina
Una misma incapacidad se digita en la nómina, se revisa para la PILA y se vuelve a registrar en contabilidad. Cada digitación es un punto donde una fecha, un tramo o una base pueden quedar mal, y el error se descubre cuando el trabajador reclama, cuando la EPS no reconoce el valor o cuando la UGPP encuentra una diferencia.
Nuestro software de nómina, avalado por la UGPP, controla los ausentismos, las vacaciones y las incapacidades dentro de la misma liquidación. Permite cargar las novedades de forma individual o masiva, liquida la seguridad social y los pagos a terceros, liquida primas y cesantías, genera informes para la UGPP y se integra con los sistemas contables de la empresa, con indicadores y reportes actualizados.
Una incapacidad bien liquidada se refleja igual en el desprendible, en la PILA y en la contabilidad
La liquidación de una incapacidad combina reglas de seguridad social, laborales y contables, y cada una se aplica en un momento distinto del cierre: el cálculo del auxilio, el reporte de aportes, la liquidación de prestaciones y el registro de la cuenta por cobrar.
Cuando una de esas piezas falla, el problema se multiplica. Un tramo mal contado cambia el auxilio, una novedad sin reportar descuadra la PILA y una cuenta por cobrar sin registrar convierte en gasto un dinero que la EPS debía reconocer.
Estos puntos sirven como lista de revisión antes de cerrar cada nómina con incapacidades.
Lo que debes revisar en cada liquidación de incapacidad
- Usar el IBC del mes anterior a la incapacidad inicial, también en las prórrogas, y el 70% del salario pactado cuando es integral.
- Aplicar el piso del salario mínimo diario en todos los tramos, incluido el del 66,67 % para los trabajadores que ganan el mínimo (Sentencia C-543 de 2007).
- Cotizar salud y pensión sobre el valor de la incapacidad y reportar la novedad para no pagar ARL sobre esos días (Decreto 1072 de 2015).
- Liquidar prima, cesantías y vacaciones sin descontar los días de incapacidad (Concepto MinTrabajo 55767 de 2023).
- Registrar como cuenta por cobrar lo que debe reconocer la EPS o la ARL, y el reembolso como ajuste (Concepto CTCP 0214 de 2025).
Si tu equipo todavía cruza la nómina, la PILA y la contabilidad a mano en cada incapacidad, conoce cómo Heinsohn Nómina registra las incapacidades desde la novedad.
Preguntas frecuentes sobre la liquidación de incapacidades
¿Cuánto descuentan por un día de incapacidad?
En una incapacidad de origen común, el día se paga al 66,67% del salario diario hasta el día 90 y al 50% desde el día 91, sin bajar del salario mínimo diario. La diferencia frente al salario es lo que el trabajador deja de recibir ese día.
¿En incapacidad se paga caja de compensación?
No sobre los días de incapacidad, porque el auxilio por incapacidad no constituye salario. La empresa sí sigue cotizando salud y pensión sobre el valor de la incapacidad.
¿Una persona incapacitada tiene derecho a prima?
Sí. El tiempo de incapacidad no se descuenta para liquidar la prima de servicios, y la prima se calcula con el último salario devengado antes de la incapacidad, según el Concepto 55767 de 2023 del Ministerio del Trabajo.
¿Las incapacidades afectan las cesantías?
No. El periodo de incapacidad cuenta para liquidar las cesantías y sus intereses, porque la incapacidad no suspende el contrato de trabajo.
¿Los domingos se cuentan como días de incapacidad?
Sí. Las incapacidades se cuentan en días calendario, así que los domingos y festivos dentro del periodo se pagan como días de incapacidad.
¿Cómo se reporta una incapacidad en la PILA?
Se reporta como una novedad con el tipo que corresponde a su origen y con las fechas de inicio y fin. La base de salud y pensión de esos días es el valor de la incapacidad, y no se liquidan aportes a riesgos laborales.
¿Qué cuenta del PUC se usa para las incapacidades?
El valor que asume la empresa se registra en la cuenta 510524 (o 520524 en el área de ventas) y la parte de la EPS o la ARL se registra como cuenta por cobrar en el grupo 13, con un auxiliar por entidad. Ese saldo se cancela cuando la EPS o la ARL paga, y su antigüedad indica qué incapacidades están pendientes de recobro.