Proceso de recobro de incapacidades en Colombia: Pasos, plazos y responsables

El proceso de recobro de incapacidades es el trámite con el que una empresa recupera ante la EPS o la ARL el dinero que pagó durante una incapacidad, y sus fallas suelen aparecer en el paso de una etapa a otra. En 2024, las incapacidades rechazadas representaron el 34% de los costos directos de ausentismo que reportaron las empresas participantes en la Encuesta de Ausentismo Laboral e Incapacidades de la ANDI. 

Tramitarlo es una obligación del empleador, el artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012 establece que la empresa debe adelantar el trámite directamente ante la EPS; al afiliado solo le corresponde informar oportunamente que le expidieron la incapacidad. 

Esa distinción importa porque el dinero que la empresa ya desembolsó en nómina puede prescribir a los tres años si nadie lo reclama a tiempo (Ley 1438 de 2011, art. 28). En este artículo te contamos quién responde por cada tramo, qué plazos son legales de verdad y en qué punto exacto del proceso se pierde el dinero con más frecuencia. 

¿Quién debe hacer el recobro de incapacidades, el empleador o el trabajador?

El recobro de incapacidades separa dos flujos que suelen confundirse: 

• En el flujo laboral, el trabajador entrega el certificado y la empresa liquida y paga la novedad en nómina.  
• En el flujo financiero, la empresa valida ese certificado, lo radica ante la EPS o la ARL, hace seguimiento y concilia el pago que recibe de vuelta. 

Una incapacidad puede estar bien registrada para justificar la ausencia del trabajador y, al mismo tiempo, estar mal gestionada como dinero por recuperar. Esa es la diferencia entre pagar una incapacidad y recobrarla, y es la raíz de buena parte de la cartera que nunca vuelve a la empresa. 

Este trámite empieza cuando la incapacidad ya está liquidada en la nómina, y cada uno de sus pasos se explica a continuación.

¿Cuáles son los pasos del proceso de recobro de incapacidades? 

El proceso de recobro de incapacidades tiene ocho pasos, desde que el trabajador entrega el certificado hasta que el pago de la EPS o la ARL queda conciliado en contabilidad: 

1. Recibir y registrar el certificado de incapacidad, con fecha de inicio, número de días y diagnóstico. 
2. Validar los requisitos: que el trabajador esté afiliado como cotizante, que el certificado esté expedido o validado por la red de la EPS y que los datos coincidan con los de nómina. 
3. Identificar el origen y la entidad responsable: la EPS en origen común desde el día 3, la ARL en origen laboral y la administradora de pensiones entre los días 181 y 540. 
4. Liquidar el valor que la entidad debe reconocer según el tramo y el ingreso base de cotización. 
5. Radicar la solicitud por el canal de cada EPS o ARL, con los soportes completos. 
6. Hacer seguimiento al estado del caso durante los 15 días hábiles de revisión y los 5 días hábiles de pago. 
7. Atender las devoluciones o solicitudes de soporte y volver a radicar. 
8. Identificar el pago recibido, relacionarlo con su caso y cerrar la cuenta por cobrar. 

¿Qué documentos necesita la empresa para radicar el recobro? 

Los soportes cambian según la EPS o la ARL, aunque la base es común: 

• Certificado de incapacidad expedido o validado por la EPS, o por la ARL en origen laboral. 
• Epicrisis o resumen de atención, cuando el certificado lo expide un profesional no adscrito a la red de la EPS (Decreto 780 de 2016, art. 2.2.3.3.3, sustituido por el Decreto 2126 de 2023)
• Formulario o solicitud de reconocimiento de la entidad, cuando lo exige. 
• Soporte del pago de la incapacidad al trabajador en nómina. 
• Reporte del accidente de trabajo o calificación de origen, en incapacidades de origen laboral. 

Revisa los requisitos de cada entidad antes de radicar, porque un soporte faltante genera una devolución y reinicia el conteo del caso. 

Quién responde por cada tramo de la incapacidad, de los dos primeros días al día 540 

El artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo reconoce al trabajador un auxilio monetario de hasta 180 días por incapacidad de origen común: dos terceras partes del salario durante los primeros 90 días y la mitad durante el resto. La Sentencia C-543 de 2007 de la Corte Constitucional condicionó ese artículo, el auxilio nunca puede quedar por debajo del salario mínimo legal vigente. 

El texto histórico de la norma nombra al empleador como pagador, y con la creación del Sistema General de Seguridad Social en Salud esa responsabilidad económica pasó al sistema, con una excepción puntual: los dos primeros días de una incapacidad común siguen a cargo del empleador, sin derecho a recobro ante la EPS. 

Del tercer día al día 90, la EPS reconoce dos terceras partes del ingreso base, del día 91 al 180, la mitad. Entre los días 181 y 540, la responsabilidad pasa a la administradora de pensiones bajo condiciones legales específicas, y para revisar los tipos de incapacidad laboral y cómo se pagan conviene revisar cada tramo por separado.  

Las incapacidades de origen laboral siguen otra ruta, la ARL responde desde el día siguiente al accidente o al inicio de la incapacidad reconocida, con el 100% del salario base de cotización (Ley 776 de 2002). 

Ni el artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012 ni el Título 3 del Decreto 780 de 2016, hoy sustituido por el Decreto 2126 de 2023, fijan un plazo general de tres días hábiles para que el empleador radique la incapacidad ante la EPS, y ninguno establece que ese incumplimiento elimine el derecho al reembolso. Las referencias a tres días que circulan corresponden a procedimientos internos de algunas entidades, casi siempre para que el trabajador entregue el certificado a Talento Humano.

Los plazos que sí son legales son otros tres: 

• Cuando el certificado lo expide un profesional no adscrito a la red de la EPS, el artículo 2.2.3.3.3 del Decreto 780 de 2016 exige presentarlo para validación dentro de los 15 días siguientes a su expedición, junto con la epicrisis o el resumen de atención correspondiente. Si la EPS no valida el certificado ni somete al trabajador a evaluación de un profesional par dentro de los 8 días hábiles siguientes, debe reconocerlo.
• Una vez la empresa presenta la solicitud completa, la EPS tiene 15 días hábiles para revisarla y liquidarla, y 5 días hábiles adicionales para pagar lo que haya autorizado por transferencia electrónica (Decreto 780 de 2016, art. 2.2.3.4.3). El incumplimiento de ese plazo genera intereses moratorios a cargo de la EPS.
• El tercer plazo es el que de verdad limita la gestión, el derecho del empleador a pedir el reembolso prescribe a los tres años, contados desde la fecha en que pagó la prestación al trabajador (Ley 1438 de 2011, art. 28). Ese plazo amplio suele dar una falsa sensación de holgura, hasta que la empresa intenta depurar la cartera al final del término y encuentra documentos faltantes, empleados retirados o EPS que ya cambiaron de operación. 

Las seis fallas operativas que hacen que el recobro se quede a medias

La evidencia disponible muestra que buena parte del dinero de las incapacidades se pierde entre etapas del proceso. El 34 % de rechazo en costos directos que midió la Encuesta de Ausentismo Laboral e Incapacidades 2024 de la ANDI apunta a una gestión fragmentada, y una auditoría de Subred Sur en Bogotá encontró, a mayo de 2025, saldos de 2016 a 2022 por 1.367 millones de pesos que ya se consideraban prescritos por falta de seguimiento. Por eso la pregunta útil para cualquier empresa es en qué etapa concreta se le está quedando el dinero, y los seis errores más frecuentes del proceso lo explican.

Los seis errores más frecuentes del proceso explican cómo una empresa llega a ese punto.  

1. La primera falla es que el proceso no tiene un dueño único, Talento Humano recibe el certificado, Nómina liquida, Tesorería identifica el giro y Contabilidad concilia, y cuando cada área controla solo su parte, nadie responde por el cierre completo del caso. 
2. La segunda es documental, certificados que llegan tarde o incompletos, con errores de identidad, fechas o diagnóstico, generan devoluciones que reinician el reloj de cada caso.  
3. La tercera es la heterogeneidad entre entidades porque cada EPS y cada ARL opera con portales, formularios y tiempos de respuesta distintos, lo que exige seguimiento activo después del primer envío.
4. La cuarta falla desconecta nómina de cartera, porque muchas empresas pagan bien la novedad y aun así no registran la cuenta por cobrar correspondiente, o reciben el giro de la EPS sin lograr identificar a qué caso pertenece.
5. La quinta falla depende de terceros, parte de la cartera queda atada a EPS con dificultades operativas o en proceso de intervención, lo que complica el cobro sin que la empresa tenga control sobre esa variable. La sexta es de medición: sin indicadores de oportunidad, antigüedad y tasa de recuperación por entidad, la organización no distingue entre cartera cobrable, rechazada o ya prescrita. 

Un expediente trazable por caso evita que la cartera de incapacidades prescriba

Los seis errores comparten una causa: la información de cada caso está repartida entre Talento Humano, Nómina, Tesorería y Contabilidad, y cada área reconstruye su parte cuando llega el momento de auditar. Un expediente único por caso, con estado, entidad y antigüedad, permite saber cuánto de lo pagado ya volvió a caja y qué parte se acerca a los tres años de prescripción. 

Con esa información, tu empresa también puede evaluar si le conviene mantener el trámite con su propio equipo. Para ese análisis sirve comparar el recobro interno y el tercerizado con costo total y tasa de recuperación. 

Heinsohn GRE es el servicio de recobro de incapacidades ante EPS y ARL a nivel nacional, con más de diez años de experiencia: valida la documentación de cada caso, lo radica, hace seguimiento continuo y entrega reportes mensuales con auditoría de resultados. Su plataforma muestra la cartera causada y recuperada, las edades de cartera y el reconocimiento por entidad, y el servicio registra una tasa promedio de recuperación superior al 90% sobre los casos gestionados. 

Con un diagnóstico inicial, Heinsohn revisa cuánta cartera de incapacidades tiene tu empresa y en qué etapa se está quedando. ¿Ya sabes cuánto de lo que pagaste en incapacidades este año todavía no ha vuelto a caja? Contáctanos.

Preguntas frecuentes sobre el proceso de recobro de incapacidades 

¿Quién debe tramitar el recobro de incapacidades, el empleador o el trabajador? 

Le corresponde al empleador, según el artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012. El trabajador solo debe informar oportunamente la expedición de la incapacidad. 

¿Cuánto tiempo tiene el empleador para cobrar una incapacidad a la EPS?  

El derecho al reembolso prescribe a los tres años, contados desde la fecha en que el empleador pagó la prestación al trabajador, según el artículo 28 de la Ley 1438 de 2011.

¿Cómo es, paso a paso, el proceso de recobro de incapacidades? 

Son ocho pasos: recibir el certificado, validar requisitos, identificar la entidad responsable, liquidar el valor del tramo, radicar con soportes, hacer seguimiento, atender devoluciones y conciliar el pago recibido.

¿Qué pasa si la EPS se demora en responder una solicitud de recobro?  

Tiene 15 días hábiles para revisar y liquidar la solicitud, y 5 días hábiles adicionales para pagar lo autorizado; el incumplimiento genera intereses moratorios a cargo de la EPS. 

¿Cómo cobrar una incapacidad a la EPS siendo empleador?

La empresa valida el certificado y los requisitos del trabajador, liquida el valor del tramo que corresponde a la EPS, radica la solicitud con los soportes por el canal de la entidad, hace seguimiento y concilia el pago recibido con el caso.

¿Se puede recobrar una incapacidad expedida de forma retroactiva?

Sí, cuando el certificado retroactivo cumple las condiciones que permite la norma y la EPS lo reconoce. Esas condiciones se explican en qué certificados de incapacidad son válidos, y el plazo para radicar el recobro es el mismo de tres años desde el pago al trabajador.

¿Cómo se hace el recobro de una incapacidad de origen laboral ante la ARL?

La empresa sigue la misma ruta ante la ARL, que reconoce el 100% del salario base de cotización desde el día siguiente al accidente o al inicio de la incapacidad (Ley 776 de 2002). Además del certificado, la ARL puede pedir el reporte del accidente de trabajo o la calificación de origen.

¿Qué hacer si la EPS devuelve la solicitud de recobro?

Revisa la causa de la devolución, corrige o completa el soporte que falta y vuelve a radicar dentro del plazo de prescripción. Registrar las causas de devolución por entidad ayuda a que el mismo error no se repita en otros casos.